En août 2007, toutes les écoles du degré secondaire II (post obligatoires) ont été placées dans une nouvelle entité dénommée CEJEF (Centre jurassien d'enseignement et de formation) composée de 5 divisions. 

L'Ecole de commerce appartient à la Division commerciale, tout comme les Ecoles professionnelles commerciales de Delémont et Porrentruy et l'Ecole supérieure d'informatique de gestion.

Cette division est placée sous la direction de M. Loïc Stalder, appuyé dans sa mission par une équipe de direction composée de Mme Caroline Balmer (EC), M. Gabriel Willemin (EPC), MM. Raphaël Ciocchi (EC) et Nicolas Bandelier (EPC)